L-39 Albatros был создан для замены учебно-тренировочного самолёта Aero L-29 Delfin. Прототип, получивший наименование Х-02, совершил первый полёт 4 ноября 1968 года. В 1972 году новая машина была выбрана основным учебно-тренировочным самолётом стран-участниц Организации Варшавского договора, а серийный выпуск L-39 на предприятии «Aero Vodochody» начался в 1974 году. Всего было построено 2868 самолётов, в результате чего L-39 стал одним из самых массовых реактивных УТС, занимая по количеству выпущенных машин почётное четвертое место в мире после американского Т-33, советского МиГ-15УТИ и своего соотечественника L-29 Delfin. Производство продолжался вплоть до 1999 года.
В ВВС СССР первые самолёты L-39С начали эксплуатировать в 1975 году в 105-м УАП Черниговского высшего военного авиационного училища лётчиков. Очень быстро УТС L-39С стал одним из самых массовых самолётов в ВВС СССР (было получено 2080 бортов). Самолёт «обрусел» и не воспринимался как иностранный. Латинскую букву «L» в обозначении сразу же заменили русской «Л». Буква «С» указывающая на модификацию вовсе исчезла, так как в СССР эксплуатировались машины только одной модификации. Да и собственное имя «Альбатрос» практически не использовалось, куда чаще машину называли сленговым прозвищем «Элка».
Л-39 поступили в большинство лётных училищ: Качинское, Черниговское, Харьковское, Армавирское, Барнаульское, Ейское, Борисоглебское, Тамбовское, Краснодарское. Эти училища готовили лётчиков для фронтовых истребительных авиаполков и войск ПВО, истребительно-бомбардировочной и фронтовой бомбардировочной авиации. Несколько учебно-тренировочных самолётов Л-39 эксплуатировались в штурмовых авиационных полках, выполняя роль тренировочных машин для лётчиков Су-25. Кроме того, Л-39 имелись в Центрах боевой подготовки и переучивания лётного состава, в отдельном учебно-испытательным полку Центра подготовки космонавтов СССР, в подразделениях ГК НИИ ВВС. Небольшое количество «Элок» было передано аэроклубам и учебным центрам ДОСААФ. За пределами силовых структур «Элками» располагал ЛИИ МАП (подмосковный Жуковский), имелись они в Школе лётчиков-испытателей. «Альбатросы» много раз использовались в качестве летающих лаборатории и самолётов сопровождения при испытаниях новой авиационной техники.
На сегодняшний день УТС L-39C эксплуатируются более чем в 30 странах и остаются наиболее популярными реактивными самолётами среди частных пилотов. Несколько Л-39 живёт и летает в Орешково.